Tenendo fede alla roadmap indicata a suo tempo, Microsoft ha reso disponibile da metà ottobre le versioni definitive di Windows Server 2016 e System Center 2016.
La nuova versione del sistema operativo per le aziende è ottimizzata per il cloud e introduce novità anche in termini di tariffe. Per le versioni Standard e Datacenter, infatti, il costo si calcolerà in termini di numero di core e non di processori. L'obiettivo del vendor è uniformare il licensing fra Windows Server e Azure, per ottenere una maggiore semplificazione negli ambienti cloud ibridi. Tra l'altro, è già possibile per le imprese che hanno sottoscritto la Software Assurance trasferire le immagini del sistema operativo sulla piattaforma cloud riutilizzando la licenza esistente.
Microsoft ha puntato l'attenzione sulle aperture verso il cloud ibrido, combinando sistemi che si basano su soluzioni on premise e sulla nuvola, come accade per le versioni tradizionali e Azure di Sql Server e Active Directory.
Nuovo sistema operativo supporta i container Docker, che possono essere  implementati e amministrati  sul server Microsoft, attraverso il client Docker per Windows o PowerShell. Attraverso Windows Server Container, sarà possibile gestire un accesso a volumi di storage condivisi su differenti container. Tutti i clienti di Windows Server 2016 potranno beneficiare di Docker Engine senza costi aggiuntivi.
Un'altra novità è rappresentata dalla presenza di una declinazione dell’hypervisor di Microsoft capace di supportare i container. Queste evoluzioni aprono nuove prospettive nel campo dell'implementazione continua, delle architetture applicative, ma anche del trasferimento di applicazioni su Azure ho altre piattaforme cloud.
Nano Server è un'altra innovazione introdotta da Microsoft. Si tratta di un sistema operativo leggero, circa 20 volte meno pesante della versione principale. Sposando la logica unikernel, esso ospita solo le componenti principali del server (Hyper-V, i servizi di rete, di cluster e di storage soprattutto). La novità corrisponde in qualche modo al l'atomizzazione del server ed è stata studiata per supportare le architetture di microservizi.
Sempre in materia di gestione delle architetture, la virtualizzazione e la gestione dei cluster sono state aggiornate per supportare meglio la resilienza delle applicazioni e la continuità delle attività, anche in caso di blocco dei servizi di gestione dei cluster. Da notare, infine, che Windows Server ha migliorato anche il supporto dei sistemi di storage flash, soprattutto Nvme e Sata Ssd.