Blue Coat Systems ha annunciato di essere entrata a far parte del programma Microsoft System Center Alliance per migliorare e supportare le soluzioni Microsoft System Center Configuration Manager 2007 e Microsoft Application Virtualization (App-V), parte di Microsoft Desktop Optimization Pack, attraverso la Wan per le filiali e attraverso internet per i lavoratori remoti. Blue Coat ha partecipato anche alla conferenza Microsoft Management Summit 2009 che si è svolta a Las Vegas in Nevada dal 27 aprile al 1 maggio 2009. 
Oltre ad accelerare le applicazioni aziendali e i file remoti in tutta la Wan, le appliance Blue Coat ProxySG sono ora in grado di ottimizzare e accelerare gli aggiornamenti software, le configurazioni e le patch che la divisione IT di un'azienda distribuisce attraverso un package ai propri utenti utilizzando Configuration Manager e App-V.
Il software Blue Coat ProxyClient è in grado di accelerare la fornitura di software e delle applicazioni distribuite da Configuration Manager o App-V. Il software ProxyClient è caratterizzato da tecnologie di ottimizzazione della Wan, compreso il caching dei byte, per accelerare l'accesso ai file come spreadsheet e presentazioni e abbreviare il tempo di risposta delle applicazioni Web remote. ProxyClient utilizza inoltre Blue Coat WebPulse, il servizio di sicurezza di cloud computing in tempo reale, per implementare le policy aziendali per l'utilizzo di Internet gestite centralmente e per la protezione contro malware, spyware, codice mobile nocivo ed exploit di phishing.